生物质环保供暖锅炉运行必须保持正常水位。当水位低于安全水位线时，称为缺水事故。缺水事故可分为轻微缺水和严重缺水两种。如水位在安全水位线以下，但还能看见，或虽然已看不见水位，但对允许采用“叫水法”的生物质环保供暖锅炉进行“叫水”后水位很快出现时，属于轻微缺水。如水位已看不见，用“叫水法”也不能出现时，属于严重缺水。
生物质环保供暖锅炉缺水事故，如果处理不当，会造成设备严重损坏，如果在生物质供暖锅炉严重缺水的情况下进水，就会导致生物质环保供暖锅炉爆炸。
这是因为生物质环保供暖锅炉缺水后，一方面钢板被干烧而过热，甚至烧红，使强度大为下降，另一方面由于过热后的钢板温度与给水的温度相差极为悬殊，钢板先接触水的部位因遇冷急剧收缩而龟裂，在蒸汽压力的作用下，龟裂处随即撕成大的破口。汽水从破口喷射出来，即造成爆炸事故。生物质环保供暖锅炉严重缺水时，必须进行紧急灭火停炉。灭火停炉的操作程序按紧急停炉的方法实施，严重缺水时严禁向锅内进水。
生物质环保供暖锅炉在运行时须注意以下几点：
根据锅炉运行实际燃料的消耗量调整上料机的燃料供给量。高温裂解室内（炉膛内）的燃料未燃尽，鼓、引风机不得停止运行。运行中突然停电时，必须及时清除高温裂解室内（炉膛内）的燃料。
停炉前，不得再添加生物质燃料。停炉时，无需封火，炉排上燃料燃尽后，鼓、引风机方可停止运行。每班检查转动机构运行情况及减速机内的油位是否正常。
定期清理折烟室内和烟管内积灰和灰渣。高温裂解室内（炉膛内）的配氧参数在锅炉安装调试好后，请勿乱动。锅炉操作人员必须责任心强，按操作规程进行作业。
由于生物质燃料是经过高压低温压缩加工成型的颗粒状燃料，水分大，体积大，燃料之间相互碰撞阻力大，所以在安装螺旋式上料机时要注意以下几个方面：螺旋式上料机安装时，输料管与地面下储料斗连接时要有一定的倾斜角度。
